прадукты

Аналіз падзей фасфаралявання ў пратэёме па-ранейшаму з'яўляецца сур'ёзнай аналітычнай праблемай з-за велізарнай складанасці сетак фасфаралявання бялку.У гэтай працы мы ацэньваем узаемадапаўняльнасць Lys-N, Lys-C і трыпсінаў у дачыненні да іх здольнасці ўносіць свой уклад у глабальны аналіз фасфапратэома.Удасканаленая версія моцнага катыённага абмену з нізкім рН была выкарыстана для эфектыўнага падзелу ацэтыляваных, фасфарыляваных і немадыфікаваных пептыдаў на N-канцы.У агульнай складанасці 5036 нелішніх фасфапептыдаў можна было ідэнтыфікаваць з частатой ілжывага адкрыцця <1% з 1 мг бялку з выкарыстаннем камбінацыі трох ферментаў.Нашы дадзеныя паказалі, што перакрыцце паміж наборамі даных па фасфапептыдах, атрыманых з дапамогай розных пратэаз, было нязначным, у той час як перакрыцце паміж двума аднолькава згенераванымі наборамі даных па трыптыку было як мінімум у 4 разы вышэй.Такім чынам, паралельнае выкарыстанне Lys-N і трыпсінаў дазволіла павялічыць колькасць выяўленых фасфапептыдаў на 72% у параўнанні з адным трыпсінам, у той час як паўторны эксперымент з трыпсінам прывёў да павелічэння толькі на 25%.Такім чынам, засяродзіўшыся выключна на дадзеных трыпсінаў і Lys-N, мы вызначылі 4671 нелішні фосфапептыд.Далейшы аналіз выяўленых сайтаў паказаў, што наборы дадзеных Lys-N і трыпсінаў былі ўзбагачаны істотна рознымі матывамі фасфаралявання, што дадаткова сведчыць аб тым, што падыходы з выкарыстаннем мультыпратэаз вельмі важныя ў аналізе фасфапратэомаў.